Hexa Dungeon est un jeu de combat et d'aventure dans lequel les joueurs doivent associer des éléments de même couleur pour gagner la partie. Pour permettre au héros d'attaquer dans Hexa Dungeon, le joueur doit associer les éléments. Lorsque le joueur a collecté suffisamment de puissance en associant les éléments, il devient possible de débloquer de nombreux power shots qui sont visibles en bas de l'écran. Dans Hexa Dungeon, il est important de s'assurer d'éloigner les ennemis et d'aller de l'avant pour les détruire.